Ilkka Oyj:ssä on kaksiportainen hallintomalli. Yhtiökokous valitsee hallintoneuvoston jäsenet ja hallintoneuvosto valitsee hallituksen. Ilkka Oyj:n toimitusjohtaja toimii konsernijohtajana, jolloin hän vastaa koko konsernin toiminnasta konsernihallituksen hyväksymien ja antamin tavoitteiden ja ohjeiden mukaan. Konsernin johtoryhmä konsernijohtajan tukena ohjaa ja kehittää konsernin liiketoimintaa siten, että strategiset tavoitteet saavutetaan.
